À partir de 1942, auprès du préfet régional de Bordeaux Maurice Sabatier, en sa qualité de secrétaire général de la préfecture de la Gironde, il contrôle le Service des affaires juives et participe à la politique d’arrestation et de déportation coordonnée par René Bousquet et Jean Leguay. Au prétexte dévoyé du respect de la souveraineté française, il revient aux gendarmes et policiers français d’arrêter, en zone occupée comme en zone dite libre, les juifs à déporter.
Jusqu’en 1944, onze convois partent de Bordeaux vers Drancy, où étaient rassemblés ceux qui seront ensuite exterminés à Auschwitz-Birkenau ; parmi eux figurèrent donc 1 457 juifs adultes et 233 enfants. Malgré la plaidoirie de maître Varaut niant la communauté d’intention entre les fonctionnaires français et les Allemands, la responsabilité de Maurice Papon sera reconnue pour quatre des convois, non pour complicité d’assassinats mais pour « complicité d’arrestations illégales et de séquestrations arbitraires ».
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